Mit der Übernahme der Rheinischen Provinzialverwaltung durch den Nationalsozialisten Heinrich Haake wurden Umstrukturierungen des Museums großzügig finanziert – mangelnde finanzielle Mittel waren in den Jahren zuvor noch ein ständiges Hemmnis in der Entwicklung des Museums gewesen – und eine inhaltliche Neuausrichtung der Präsentation vorgenommen. Das Museum sollte als Prestigeobjekt der Nationalsozialisten den neuen Typus eines Museums abbilden, das eine „volksnahe Bildungsstätte“ sein und die nationalsozialistische Ideologie kulturpolitisch untermauern sollte. So wurden in der Ausstellung die provinzialrömischen Objekte zu Gunsten der Vor- und Frühgeschichte weit in den Hintergrund gerückt. Es sollte ein Fokus auf vermeintlich deutsche Vorfahren gelegt werden, römisches galt als uninteressant und in der Vergangenheit über Gebühr bevorzugt. 1934 wurde zudem der Name von „Provinzialmuseum Bonn“ in „Rheinisches Landesmuseum“ geändert.

Während der Umgestaltung wurden Objekte veräußert, die nicht in das angestrebte Konzept passten. Beispielsweise wurde ein großer Teil der Wesendonck-Sammlung 1935 in einer Auktion bei Lempertz in Köln versteigert. Für die Realisierung der nationalsozialistischen Ansprüche an das Haus erhielt das Museums immer neue finanzielle Mittel von der Rheinischen Provinzialverwaltung und Sponsoren, die zu nicht unerheblichen Teilen für den Ankauf von Gemälden genutzt wurden.

Das Jahrzehnt nach dem Krieg war von der Beseitigung der Kriegsschäden und der Wiedereinrichtung des Museums geprägt. Im Zuge der danach erfolgten Neuaufstellung richtete sich das Rheinische Landesmuseum an den Bedürfnissen der Besucher*innen und den aktuellsten musealen Standards aus. So war bereits zu Beginn der 1970er Jahre ein museumspädagogisches Angebot im Haus angesiedelt, das auch für die kleinsten Bürger und Bürgerinnen den Besuch im Museum spannend und interessant gestaltete.